ಜನರು ಅಂಗಡಿಯಲ್ಲಿ ಕೊಂಡು ತಂದ ಮೊಟ್ಟೆಯನ್ನು ಅಡುಗೆಗೆ ಬಳಸುವ ಮೊದಲು ನೀರಿನಲ್ಲಿ ತೊಳೆಯುತ್ತಾರೆ. ಆದರೆ ಅಂಗಡಿಗೆ ತರುವ ಮೊದಲೇ ಮೊಟ್ಟೆಗಳನ್ನು ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ತೊಳೆದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮುಕ್ತವನ್ನಾಗಿ ಮಾಡಲಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಆದರೂ ನಾಟಿ ಮೊಟ್ಟೆಗಳನ್ನು ಕೂಡಾ ಉಪ್ಪು ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಮೊಟ್ಟೆಗಳನ್ನು ತೊಳೆಯುವುದು ಸೂಕ್ತ.
ದೊಡ್ಡ ಕೋಳಿ ಫಾರಂಗಳಲ್ಲಿ ಬೃಹತ್ ಪ್ರಮಾಣದ ಮೊಟ್ಟೆಗಳನ್ನು ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ತೊಳೆಯುವ ವಿಧಾನವಿದೆ. ಇದರಲ್ಲಿ ಮೊಟ್ಟೆಯ ಚಿಪ್ಪಿನ ಮೇಲ್ಮೈಯಲ್ಲಿರುವ ಪದರವನ್ನು ತೆಗೆದು ಖನಿಜ ತೈಲ ಒಂದರ ಲೇಪನ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದರಿಂದ ಮೊಟ್ಟೆಯೊಳಗೆ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಪ್ರವೇಶಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವುದಿಲ್ಲ.
ವಾಶಿಂಗ್ ಪ್ರೋಸೆಸ್ಸ್ ಗೆ ಒಳಗಾದ ಮೊಟ್ಟೆಗಳನ್ನು ಕೊಂಡು ತಂದು ಮತ್ತೆ ಮನೆಯಲ್ಲಿ ತೊಳೆದರೆ ಅದರ ತೈಲದ ಪದರ ಹೋಗಿ ಮೊಟ್ಟೆಯ ರಂಧ್ರದೊಳಗೆ ಧೂಳು ಅಥವಾ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಪ್ರವೇಶಿಸಿ ಮೊಟ್ಟೆಯ ಬಿಳಿ ಅಥವಾ ಹಳದಿ ಭಾಗವನ್ನು ಕಲುಷಿತಗೊಳಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆ ಇದೆ. ಹಾಗಾಗಿ ಮೊಟ್ಟೆ ತೊಳೆಯುವಾಗ ಎಚ್ಚರಿಕೆ ವಹಿಸುವುದು ಸೂಕ್ತ.
ಆದರೆ ನಾಟಿ ಮೊಟ್ಟೆಗಳನ್ನು ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ತೊಳೆಯದ ಕಾರಣ ಅದನ್ನು ಅಡುಗೆಗೆ ಬಳಸುವ ಮುನ್ನ ಬಿಸಿ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ತೊಳೆಯಬೇಕು. ಇದರಿಂದ ಅದರ ಧೂಳು ಹೋಗಿ ಬಳಕೆಗೆ ಯೋಗ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ.